注册机关是指负责各类市场主体登记注册并监督管理的政府部门。具体而言， 在我国，公司的登记机关是工商行政管理局或者市场监督管理局。它们负责市场监督管理和行政执法的有关工作，起草有关法律法规草案，制定工商行政管理规章和政策，并负责各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个人以及外国（地区）企业常驻代表机构等市场主体的登记注册并监督管理，承担依法查处取缔无照经营的责任。
此外，对于商标的注册，其管理部门是中华人民共和国国家工商行政管理总局商标局，简称国家商标局。国家商标局主管全国的商标注册与管理工作，负责商品商标、服务商标、集体商标、证明商标等商标的注册工作，办理商标异议裁定以及注册商标的变更、转让、续展、补证、注销等有关事宜，并指导、协调、组织各地工商行政管理机关查处商标侵权假冒案件，依法认定和保护驰名商标，监督管理商标代理机构。
综上所述，注册机关根据注册对象的不同而有所区别：
1. 对于公司，注册机关是工商行政管理局或市场监督管理局。
2. 对于商标，注册机关是中华人民共和国国家工商行政管理总局商标局。
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