卷宗丢失后的处理方式如下：
整理丢失材料：
详细记录丢失的卷宗内容，包括涉及哪些案件、丢失的时间、地点等，并根据记忆整理相关材料，以尽可能恢复丢失的信息。
确定丢失部门并协商：
查明卷宗是在哪个部门丢失的，并与该部门的领导进行协商，寻求解决方案。内部人员过失导致的丢失，应当立即组织回忆案件细节并补充整理丢失的材料。
报警处理：
如果怀疑卷宗丢失是故意为之，应立即向公安机关报案，并配合相关调查。故意丢失卷宗可能涉及刑事犯罪，需依法追究责任。
向检察机关检举：
若丢失卷宗属于失职行为，可以向检察机关检举揭发，提供相关线索，以便检察机关进行调查。
向纪检监察机关投诉：
如果发现有渎职、玩忽职守等行为，可以向纪检监察机关投诉，启动调查程序。这些行为可能涉及行政处分或刑事责任。
重新整理案卷：
在查明丢失原因并采取措施后，需要重新整理案卷材料，确保案件资料的完整性，避免因卷宗丢失影响案件的正常处理。
内部处理：
对于内部过失导致的卷宗丢失，法院或相关部门可能会对负责人进行行政处罚，并采取措施防止类似事件再次发生。
法律咨询：
在处理卷宗丢失的过程中，建议咨询专业律师，获取更具体的法律意见和帮助，确保采取的措施合法合规。
通过以上措施，可以尽可能减少卷宗丢失带来的影响，并依法追究相关责任人的责任。