增值税发票的认证方式主要有三种，包括远程认证、上门认证和勾选认证。
远程认证
由纳税人自行扫描专用发票抵扣联票面信息，生成电子数据后通过网络传输至税务机关进行解密和认证，认证结果信息会返回给纳税人。
上门认证
纳税人需要携带增值税专用发票抵扣联等资料，到税务机关的申报征收窗口或自助办税机进行认证。
勾选认证
符合条件的纳税人通过特定网址，对升级版增值税开票系统开具给自己的增值税发票信息进行查询，然后通过勾选和确认的形式完成发票认证。
增值税发票认证的详细流程
使用当地增值税发票综合服务平台
打开平台并插入税控器具。
输入税控器正确密码进入界面，选择认证税款所属期，点击进入。
点击抵扣勾选，选择发票抵扣勾选。
点击查询，勾选需要认证的发票并提交页面。
在弹出的对话框中点击确定。
点击抵扣勾选统计。
点击申请统计。
确定申请生成统计报表。
确认发票勾选清单无误后点击确认。
在跳出的发票确认汇总对话框中再次选择确认。
使用网上认证程序
电脑联网，扫描仪正常连接运行。
打开相关“网上认证程序”，找到相关“网上认证采集模块”，执行“发票扫描录入”，将需要认证的增值税专用发票抵扣联逐一放置扫描仪中扫描采集。
每批次扫描采集完后，执行程序界面上的“保存”，通过“网上认证程序”中“信息发送”按钮发送上传到国税机关，待反馈信息，及时获取成功信息后，则通过认证。不符者，仔细校对再执行上述步骤（也可通过手工录入校正）。至此“网上认证”完成。
登录增值税发票选择确认平台
插上金税盘在电脑上，保证金税盘在闪光。
登录增值税发票选择确认平台，输入税控盘证书密码。
登录进来以后就点发票勾选，开票日期可以自己选择的，选择好日期之后就点击查询，就会出现未认证的发票。
然后就开始勾选发票，确认当期要认证的发票，选择完后就点击保存。
上面步骤结束后就点击确认勾选，然后点已勾选未确认按钮，然后点确定按钮。
确认完后可以打印出来，而且可以查看认证的明细。
认证完后，过一段时间就能查到申报抵扣发票统计表了。
建议
选择合适的认证方式：根据纳税人的实际情况选择最便捷的认证方式，如远程认证适合日常操作，上门认证适合特殊情况，勾选认证适合需要批量认证的情况。
确保网络畅通：无论是使用网上认证还是扫描认证，都需要确保网络连接畅通，以免因网络问题影响认证进度。
仔细核对信息：在认证过程中，务必仔细核对发票信息，确保无误，避免因信息错误导致认证失败。