科目二缺考的处理方式如下：
缺考会被视为不合格：
如果申请人未能按照预约时间参加考试，该次考试会被直接判定为不合格。
补考机会：
每个科目考试有一次机会，如果考试不合格，可以申请补考一次。
重新预约考试：
补考不合格或者选择不补考的情况下，申请人需要重新预约考试。科目二和科目三的考试预约需在十日后进行。
考试次数限制：
在驾驶技能准考证明有效期内，科目二的预约考试次数不得超过五次。第五次预约考试如果仍然不合格，则已考试合格的其他科目成绩作废。
补考费用：
重新预约考试时，通常需要缴纳相应的补考费。
取消预约：
如果申请人因故不能参加考试，应提前一日申请取消预约，以避免不必要的麻烦。
请合理安排时间，避免缺考带来的不便