针对认证后未抵扣的发票，可以采取以下处理措施：
了解未抵扣的原因
确认发票未抵扣的具体原因，如内部流程延误、发票信息错误、抵扣联丢失等。
针对不同原因采取相应措施，如优化流程、更正发票信息、补办相关手续等。
申请延期抵扣或重新开具发票
若因特殊原因未能及时抵扣，可向主管税务机关申请办理延期抵扣手续，说明原因并提交证明材料。
若发票已过期无法抵扣，建议与供应商协商重新开具发票，并确保新发票的准确性和合规性。
加强发票管理和内部协调
建立完善的发票管理制度，确保发票的及时性、真实性和准确性。
设立专门的跟踪机制，防止遗漏抵扣。
加强内部部门之间的沟通与协调，确保发票抵扣流程顺畅进行。
及时申报抵扣
在规定的申报期内，通过电子税务局或税务局柜台进行发票申报，提供相关信息并说明未及时申报抵扣的原因。
提交申报后，等待税务部门的审核结果，审核通过后即可进行抵扣操作。
注意发票有效期
尽早进行抵扣，以免影响税收减免。
已认证的发票若未能及时抵扣，应尽快办理延期抵扣手续，并在延期期限内完成抵扣操作。
避免滞留发票
增值税专用发票认证后不抵扣可能导致“滞留发票”问题，影响企业信用和税务合规性。
建议及时认证并抵扣发票，或在特定情况下（如财务入账需要）进行不抵扣勾选，并在年度汇算前根据企业实际情况进行税务处理。
综上所述，企业应从原因分析、申请延期抵扣或重新开具发票、加强发票管理和内部协调等方面入手，确保发票抵扣工作的顺利进行。